本科教学办公室在大学教务部各职能部门的指导下，结合医学教育特殊性，负责医学部各二级学院（系）本科教学管理工作，保证各项教学制度顺利实施并开展正常教学活动，是联系医学部教师、学生、附属/教学医院、实践教学基地和深圳市医药卫生管理部门的纽带。办公室工作职能包括：教学计划制定和管理、教学运行管理、考务工作、学生学籍和成绩管理、教学质量评价、实践教学管理、学生创新创业教育、教学数据收集审核、专业认证评估管理、本科招生等相关工作。

医学部医学教育发展中心成立于2019年11月，挂靠本科教学办公室，以推动深大医学教育改革与发展为己任，是形成医学人才培养持续进步机制不可或缺的组成部分。主要工作职能为统筹规划医学部本科医学教育发展规划、创新医学教育研究和组织实施、教学成果汇集推广、各类医学教育师资培训以及对外交流等。

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